El Instituto Nacional de Estadística está obligado por la Ley de Función Estadística Pública a proteger la confidencialidad de los datos que suministran los informantes. Dicha Ley dedica el capítulo III al Secreto Estadístico, manifestando que "el secreto estadístico obliga a los servicios estadísticos a no difundir, en ningún caso, los datos personales cualquiera que sea su origen"

La protección de la confidencialidad obliga incluso a no publicar informaciones muy desagregadas para evitar la posible identificación del informante.

El secreto estadístico se aplica también frente a todas las administraciones y organismos públicos cualquiera que sea la naturaleza de estos, excepto en casos de colaboración estadística entre administraciones, en los que podrán facilitar los datos siempre que los servicios que reciban los datos los utilicen exclusivamente para elaborar estadísticas y dispongan de los medios técnicos y legales para preservar el secreto estadístico. Esto se hace con el objeto de que distintos organismos estadísticos, por ejemplo el INE y un instituto autonómico de estadística, no soliciten lo mismo varias veces al informante.

La Ley de la Función Estadística Pública fue publicada en el Boletín Oficial del Estado el día 11 de mayo de 1989 y contiene los principios esenciales y básico de todo el sistema estadístico nacional.

Entre otras cosas, ofrece garantías a las unidades informantes de que los datos obtenidos en las diversas encuestas serán objeto de protección y quedarán amparados por el secreto estadístico